近日，中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院鮑習(xí)琛團(tuán)隊在The Innovation Life發(fā)表了題為“NaRaDa: A comprehensive nascent RNA database”的文章，構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫NaRaDa（http://www.narada.bio）。

對基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控的動態(tài)解析是解讀細(xì)胞命運和疾病發(fā)生機(jī)制的關(guān)鍵。傳統(tǒng)RNA測序技術(shù)受限于高豐度穩(wěn)態(tài)RNA，難以捕捉轉(zhuǎn)錄活動的即時變化。近年來，新生RNA測序技術(shù)的發(fā)展，為實時監(jiān)測轉(zhuǎn)錄動態(tài)提供了關(guān)鍵工具。相較于傳統(tǒng)RNA測序技術(shù)，新生RNA測序技術(shù)可以從三個層面提供轉(zhuǎn)錄調(diào)控信息，包括新生RNA即時表達(dá)情況，轉(zhuǎn)錄暫停情況以及非編碼轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的活躍情況。

研究人員收集并整理了3664個新生RNA測序數(shù)據(jù)集，涵蓋22個物種、415項研究，構(gòu)建了新生RNA數(shù)據(jù)庫，并提供樣本質(zhì)控信息，確保用戶可篩選高質(zhì)量數(shù)據(jù)集。NaRaDa還鑒定了558,574個來自不同物種的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件，用戶既可以通過感興趣的基因來探索，也可以通過篩選具有特定處理或?qū)嶒灄l件的項目來獲取其對應(yīng)的調(diào)控元件。NaRaDa支持用戶在線分析不同新生RNA數(shù)據(jù)集的轉(zhuǎn)錄調(diào)控變化，包括新生RNA表達(dá)差異、RNA聚合酶的暫停/釋放轉(zhuǎn)變以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件的活躍程度變化。用戶可以下載、利用這些信息，深入剖析基因和調(diào)控元件在各種情況下的轉(zhuǎn)錄動力學(xué)。

總的來說，這項研究構(gòu)建了綜合性的新生RNA數(shù)據(jù)庫，為解析轉(zhuǎn)錄起始變化、RNA代謝動力學(xué)及基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了資源寶庫。

廣州健康院鮑習(xí)琛研究員為該論文的通訊作者，博士后麥志標(biāo)、博士生李鐸為共同第一作者。相關(guān)工作得到國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金委等項目的資助。

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圖1?NaRaDa的整體框架